Klosteret ble grunnlagt i 719 og var i begynnelsen et sentrum for den alemanniske adelen som motpol til de frankiske karolingerne som ble stadig mektigere. Etter at abbeden Ottmar ble forvist og benediktinerreglene ble innført, utviklet klosteret seg til å bli en viktig støtte for keiseren og vant stor åndelig innflytelse med skriveskolen og stiftbiblioteket.
I en urolig tid med krig i Sveits og reformasjon lyktes stiften å bygge opp et lukket statsområde. Til oppløsningen i 1798 hadde fyrsteabbediet en dobbeltrolle: på den ene siden var det del av Det tyske riket, på den andre siden var det et assosiert medlem av Det sveitsiske edsforbund. På midten av det 18. århundre fulgte en representativ nybygging av klosteret i barokkstil. Det er i dag del av UNESCOs verdensarv og det praktfulle stiftsbiblioteket hører til de vakreste bibliotekene i verden.
Gudstjenestene i St. Gallen kloster er godt besøkt
Det berømte klosterbiblioteket i St. Gallen kloster